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Ómicas
RNA-seq es una técnica basada en NGS para determinar la presencia y cantidad de ARN mensajero en una muestra determinada en un momento dado, por lo que se utiliza para observar los cambios continuos del transcriptoma celular.
Le guiamos desde el diseño del proyecto hasta el análisis de los resultados a los que usted podrá acceder desde nuestra nube o se le entregará la información. También ponemos a su disposición nuestros servicios de bioinformática.
Aplicaciones de RNA Seq:
Un SNP, o polimorfismo de un solo nucleótido, es la sustitución de un nucleótido por otro en una posición determinada del genoma, siempre y cuando esta sustitución se encuentre en al menos el 1% de la población.
Los SNPs son los marcadores más usados actualmente debido a que ofrecen un mayor número de ventajas que otros marcadores, como por ejemplo su gran número y amplia distribución en el genoma de todos los individuos que brinda la posibilidad de construir mapas de alta densidad requeridos para aislar y estudiar genes de caracteres de interés y la posibilidad de usar variados métodos de genotipado automatizados.
bioSEQs ofrece diferentes servicios de detección y validación de SNPs en función de las características de la especie en cuestión y de los objetivos de su proyecto, como son el desarrollo de SNPs a partir de:
Aplicaciones de SNPs:
Cuando se habla de identificación se hace referencia a la clasificación del organismo en cuestión dentro de un grupo o taxón ya establecido, por su parte la tipificación se refiere a una clasificación más específica, identificando variantes que permiten incluso conocer la subespecie. La secuenciación del genoma permite una tipificación más profunda pudiendo ofrecer información como son los genes de resistencia a antibióticos, genes de virulencia, etc.
Esto es necesario en los siguientes casos:
Aplicaciones de identificación y tipificación por secuenciación del genoma completo:
El “DNA barcoding” es un método de identificación de especies que usa un segmento corto de ADN de un gen o genes específicos (ITS, 16S o 18S). Se basa en la premisa de que se puede usar una de estas secuencias individuales como código de barra de la especie (Secuencia ITS de un hongo) y compararla con una biblioteca de esas secuencias, para identificar la especie de la misma manera que los escáneres de los supermercados identifican los productos por su código de barra. El “Metabarcoding” es una identificación taxonómica a gran escala de muestras ambientales complejas que se basa en tecnologías de secuenciación de altos rendimientos como por ejemplo Illumina y Oxford Nanopore Technologies, disponibles en nuestra compañía.
Esta tecnología permite a los investigadores explorar muestras ambientales y de microbioma a un nivel mucho más profundo que lo que era posible hasta ahora.
La qPCR, o PCR cuantitativa, es la técnica más usada y confiable para detectar y determinar la abundancia de microorganismos tales como virus, bacterias, archaea, hongos y protistas en muestras de tejidos vegetales o animales, muestras de suelo y otras muestras ambientales.
Es altamente específica pues se basa en la detección de un segmento de ácidos nucleicos de la especie en estudio, además es un ensayo rápido y rentable.
Para cuantificar la cantidad de microorganismos presentes en una muestra dada, se generan curvas de calibración a partir de concentraciones conocidas de ADN plasmídico o genómico. Al correr nuestras muestras y compararlas con esta curva se puede cuantificar el número de moléculas de ácido nucleico presentes en las muestras de interés.
El proceso consta de las siguientes etapas principales:
Los microsatélites, o Simple Sequence Repeats (SSRs), son motivos de 1-6 nucleótidos repetidos adyacentes que se encuentran distribuidos en el genoma tanto en regiones codificantes como no codificantes.
La técnica de microsatélites consiste en la amplificación por PCR de estas regiones hipervariables empleando cebadores para regiones específicas que rodean los microsatélites.
Entre sus ventajas se encuentran las de ser relativamente abundantes, el alto nivel de variación alélica, presentar herencia codominante, la simplicidad analítica, y la repetibilidad de los resultados entre laboratorios.
Con el advenimiento de las técnicas de secuenciación se ha ampliado el rango de especies para las que existen cebadores disponibles para realizar esta técnica de marcadores moleculares.
Su sencillez y alta reproducibilidad la hacen especialmente útil para la caracterización de clones y la identificación varietal.
bioSEQs ofrece servicio de identificación varietal con marcadores microsatélites para diversas especies vegetales.
El proceso consta de las siguientes etapas:
La Genómica estudia la organización, función y evolución de los genes contenidos en el genoma completo de un organismo. Se divide en dos ramas principales: la Genómica estructural que caracteriza y determina la estructura tridimensional de las proteínas, y la Genómica funcional que estudia las funciones de los genes, y sus cambios.
Mediante esta metodología se determina el orden o secuencia de los nucleótidos o bases nitrogenadas: adeninas (A), citosinas (C), guaninas (G) y timinas (T) a lo largo de la molécula de ADN. Con las nuevas tecnologías de Secuenciación de Nueva Generación NGS, el costo y el tiempo requerido para la secuenciación han disminuido significativamente. Existen diferentes plataformas y protocolos basados en NGS según el objetivo del proyecto de secuenciación.
Mediante esta técnica se secuencia el ADN de manera global, incluyendo además de las regiones que codifican proteínas, aquellas regiones no codificadoras (intrones, espaciadores génicos y el ADN “basura”) y los genes que regulan la expresión genética.
Secuenciación automatizada del exoma: Se secuencia el exoma, la fracción del genoma constituida por los exones, estos representan las regiones codificadoras del ADN y contienen información para la biosíntesis de proteínas. Esta secuenciación permite centrar los recursos en aquellos genes con mayores probabilidades de afectar el fenotipo.
Se usa para la secuenciación de aquellos genomas para los cuales no existe una secuencia de referencia disponible en las bases de datos. Proporciona información útil para mapear genomas de nuevas especies o para completar la secuenciación de genomas de organismos conocidos. Se puede usar para la secuenciación del genoma completo y también para hacer Shotgun sequencing de todo el genoma.
Esta técnica constituye la forma más eficiente para secuenciar un fragmento largo de ADN. El método consiste en cortar al azar la molécula de ADN en pequeños fragmentos que son secuenciados de manera individual, y posteriormente las secuencias resultantes se ensamblan mediante programas bioinformáticos. Este proceso se repite una y otra vez, hasta lograr la obtención de la secuencia completa del ADN.
La secuenciación dirigida de próxima generación le permite secuenciar áreas específicas del genoma para análisis en profundidad de manera más rápida y rentable que la secuenciación del genoma completo (WGS). La secuenciación dirigida utiliza una secuenciación profunda para detectar variantes nuevas y conocidas dentro de su región de interés. Este método generalmente requiere menos cantidad de muestra y produce una menor cantidad de datos que WGS, lo que hace que los análisis sean más manejables. Es de utilidad para el estudio de la biodiversidad de nuestro planeta, para la detección de genes relacionados con enfermedades hereditarias y para monitorear el efecto del medio ambiente en nuestro genoma, entre otras.
Es un tipo de secuenciación dirigida de secuencias específicas basada en la técnica de PCR, que permite generar de forma rápida y masiva, millones de fragmentos de ADN denominados amplicones y secuenciarlos y se utiliza para la detección de variantes genética en regiones específicas del genoma. Constituye una técnica particularmente útil para la detección de mutaciones en genes de interés para el mejoramiento agrícola y para el estudio de polimorfismos de un solo nucleótido SNP.
Las técnicas de captura de conformación cromosómica son un conjunto de métodos de biología molecular utilizados para analizar la organización espacial de la cromatina en una célula. Estos métodos cuantifican el número de interacciones entre los loci genómicos que están cerca en el espacio 3-D, pero que pueden estar separados por muchos nucleótidos en el genoma lineal. La secuenciación de Hi-C es una técnica que permite analizar la organización espacial del genoma: mapeando el plegamiento cromosómico y los dominios topológicos asociados, cuantificando el número de interacciones entre genes distantes en el genoma lineal, etc.
La secuenciación del genoma completo de paso bajo (WGS) proporciona una solución precisa y rentable para medir la variación genética en todo el genoma. Con esta tecnología es posible ajustar la cobertura del genoma que se desea secuenciar a partir de una cantidad mínima de ADN, y permite secuenciar paralelamente un gran número de muestras reduciendo el número de repeticiones técnicas. Las secuencias resultantes se pueden usar para descubrir mutaciones (alteraciones en la estructura de los genes), tanto a nivel de muestra como a nivel de población.
Existen linfocitos T y B, y cada uno expresa un tipo particular de receptor que reconoce un antígeno de forma específica. Los linfocitos T pueden generar un enorme repertorio de receptores en su superficie llamados Receptores de Células T (TCR), que permiten el reconocimiento de una gama infinita de antígenos extraños y brindan protección contra muchos patógenos diferentes. Los TCR son específicos de células y constituyen biomarcadores para monitorear la respuesta inmune. La secuenciación del TCR de miles de células en paralelo constituye un poderoso instrumento para el diagnóstico clínico, tratamiento y el desarrollo de anticuerpos o vacunas.
El Polimorfismo genético determina la variabilidad genética en eucariontes y se presenta cuando las diferentes alternativas (o alelos) de un mismo gen se encuentran en una frecuencia mayor del 1% dentro de la población. El SNP es el más común y consiste en el cambio de un sólo nucleótido en la secuencia del ADN. Su identificación en el genoma y su utilización como marcador tienen una gran relevancia en áreas tan diversas como la medicina clínica, mejora de cultivos, etc.
Los microsatélites son regiones de repeticiones consecutivas de uno o seis nucleótidos que se encuentran dispersos al azar por todo el genoma. Constituyen marcadores moleculares altamente polimórficos que se diseñan para la identificación de cultivares y el mapeo del genoma.
La Metagenómica secuencia el genoma de todos los microorganismos presentes en muestras ambientales: agua, suelo, material biológico, tracto gastrointestinal, piel, etc. El Metagenoma obtenido, o conjunto de los genomas de los microorganismos existentes se compara con secuencias de referencia para su identificación para conocer la diversidad genética de una muestra.
Conjunto de técnicas para la identificación simultánea de múltiples especies a partir de muestras medioambientales: suelo, agua, etc. mediante el uso de marcadores moleculares. Su principal ventaja, evita el aislamiento de cada uno de los miles de individuos que pueden estar presentes en una muestra, para su posterior identificación.
Mediante esta técnica se secuencia el ADN de manera global, incluyendo además de las regiones que codifican proteínas, aquellas regiones no codificadoras (intrones, espaciadores génicos y el ADN “basura”) y los genes que regulan la expresión genética.
Esta técnica constituye la forma más eficiente para secuenciar un fragmento largo de ADN. El método consiste en cortar al azar la molécula de ADN en pequeños fragmentos que son secuenciados de manera individual, y posteriormente las secuencias resultantes se ensamblan mediante programas bioinformáticos. Este proceso se repite una y otra vez, hasta lograr la obtención de la secuencia completa del ADN.
Se usa para la secuenciación de aquellos genomas para los cuales no existe una secuencia de referencia disponible en las bases de datos. Proporciona información útil para mapear genomas de nuevas especies o para completar la secuenciación de genomas de organismos conocidos. Se puede usar para la secuenciación del genoma completo y también para hacer Shotgun sequencing de todo el genoma.
Mediante esta metodología se determina el orden o secuencia de los nucleótidos o bases nitrogenadas: adeninas (A), citosinas (C), guaninas (G) y timinas (T) a lo largo de la molécula de ADN. Con las nuevas tecnologías de Secuenciación de Nueva Generación NGS, el costo y el tiempo requerido para la secuenciación han disminuido significativamente. Existen diferentes plataformas y protocolos basados en NGS según el objetivo del proyecto de secuenciación.
Lorem fistrum por la gloria de mi madre esse jarl aliqua llevame al sircoo. De la pradera ullamco qué dise usteer está la cosa muy malar.
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Tel. 983 100 001 – 902 410 430
